智慧农业专家系统包括两个方面，即农业技术资料和专家远程咨询。由政府牵头成立分类专家库对各业态进行分类指导，包括蔬菜茎作、畜禽养殖、水产养殖、林果培育、花木种植等方面。
农业技术资料库一部分是现有公开的农业技术，具体内容包括农作物品种介绍、栽培技术、种植技术、病虫害防治技术、采摘技术、农业种植、养殖管理技术、设备设施管理技术等；另一部分是后文中的生长数据库（详见7.2.3 生长数据库）。主要包括农作物生命周期模型、生长过程信息、种子使用信息、化肥农药使用信息、作业信息、人员信息等内容，农业生产者可以在专家库的指导下进行农业生产。
专家远程咨询指的是农业专家利用现代信息网络技术解答农业生产者关于农业生产技术难题，能够依据现场环境和视频图像数据进行远程诊断。该功能基于本项目在农业五个门类代表企业中设置的信息设备采集的大气、土壤、水中的环境数据，如温湿度、pH值、微生物、CO2、肥力、电导率（盐度）、浊度、氨氮等数据；生物长势、动物行为特征；种植、养殖场周边环境高清视频图像等。